在認證審核時，會對組織身份的合法性進行檢查，即證照檢查，包括營業執照、生產許可證等。

主要檢查是否有，是否在有效期內、是否進行了年檢、體系認證覆蓋產品范圍是否在證照限定范圍內。

目前國家要求實行生產許可證管理的共32個大類的食品，在審核時，首先會確認體系覆蓋產品是否在32個大類

關于執行標準主要關注兩個地方，一是否有標準，二標準是否有效。

食品行業組織應執行的國家強制性標準主要包括以下幾類：

（1）產品標準類

（2）與產品直接接觸的包裝物標準

（3）標簽標準

（4）工廠衛生規范等

對執行企標的企業建議盡量做到以下幾點：

原料的管控主要關注原料采購有無標準、進貨檢驗/驗證的符合性等，是否有無非食品級原料的使用，以及偷梁換柱的情況。

輔料應特別關注的是食品添加劑和食品營養強化劑的使用是否合法，即有無超范圍、超量使用的情況。食品添加劑、食品營養強化劑、食品生產用水的使用應分別符合GB2760、GB14880和 GB5749的規定。

檢驗指標應至少覆蓋適用的產品質量標準和衛生標準；除企業自檢報告外，還會關注到政府主管部門的抽檢報告。